O uso de ervas é uma abordagem muito reconhecida para fortalecer o corpo e tratar a doença. As rrvas, no entanto, contêm elementos que podem desencadear efeitos colaterais na interação com outras ervas, suplementos ou medicamentos. Por estas razões, as ervas devem ser tomadas com cuidado, sob a supervisão de um profissional de saúde qualificado no domínio da medicina botânica.

GBE é geralmente considerada segura e os efeitos colaterais são raros. Em alguns casos, efeitos gastrointestinais, dores de cabeça, reacções na pele e tonturas foram relatados.

Tem havido um grande número de relatos de hemorragias internas nas pessoas que tomam ginkgo. No entanto, não está claro se o ginkgo era responsável ou se houve outro motivo (seja uma combinação de ginkgo e drogas para diluir o sangue que causou o sangramento, por exemplo). Um estudo descobriu que ginkgo, administrado juntamente com cilostazol (Pletal), prolonga  significativamente o tempo de sangramento, comumente usado no sangue mais fino. No entanto, outros estudos concluíram que gingko combinado com warfarin (Coumadin) não prolonga o tempo de sangramento. Devido a esta incerteza, deve perguntar ao seu médico antes de tomar gingko se também pode tomar medicamentos para tornar o sangue mais fino.

Se tomar gingko, deve parar de tomá-lo pelo menos 36 horas antes de efectuar uma cirurgia ou tratamento dentário devido ao risco de complicações hemorrágicas. Informe o seu médico ou dentista que está a tomar gingko.

As pessoas que têm epilepsia não devem tomar gingko, porque há a preocupação de que possa causar convulsões.

Mulheres grávidas e lactantes não devem tomar gingko.

Não comer Ginkgo biloba em frutos ou sementes.